La storia di Full Metal Panic! è ambientata in un universo alternativo simile al nostro, dove però la guerra fredda non è mai finita e l’URSS esiste ancora.
Per salvaguardare gli equilibri mondiali è stata creata un’organizzazione non governativa, la Mithril.
Tra i membri più valenti dell’organizzazione c’è Sousuke Sagara, un ragazzo di sedici anni che sin da piccolo ha conosciuto solo campi di battaglia. Il ragazzo viene incaricato di proteggere Kaname Chidori, una normalissima (e bellissima) studentessa liceale giapponese, che in realtà nasconde inconsapevolmente un grande segreto. Kaname infatti è una Whispered, e nel suo cervello è custodito il segreto della Black Technology, una tecnologia talmente sofisticata che a confronto le armi nucleari sono vecchiume...
Per proteggere la ragazza Sousuke si iscriverà nella sua stessa scuola e finirà per combinare disastri su disastri (che saranno i protagonisti anche della trama della seconda serie, “Full Metal Panic? Fumoffu!”)... Essendo infatti abituato al solo mondo militare, il ragazzo si dimostra incapace di comprendere il mondo dei civili, scambiando gesti comuni per improbabili minacce e arrivando a portare a scuola ogni genere di arma!!
La storia prosegue in Full Metal Panic? Fumoffu! che è uno spin-off di Full Metal Panic!
Ritroviamo qui tutti i personaggi della prima serie, ma il luogo e l'atmosfera però sono quelli tipici del classico anime incentrato sulla vita scolastica dei protagonisti. Il tutto rivisitato in chiave estremamente demenziale e surreale... Il nonsense e l’ironia è infatti il fulcro di Full Metal Panic? Fumoffu!